Short clip showing the deportation of Jews from an unknown location, 1942. SS and Blue Police both appear in the video.

Những chuyến tàu đầu tiên với người Do Thái Đức bị trục xuất đến các khu ghetto ở Ba Lan bị chiếm đóng bắt đầu khởi hành từ miền trung nước Đức vào ngày 16 tháng 10 năm 1941.[21] Được gọi là Sonderzüge (các đoàn tàu đặc biệt),[22] các đoàn tàu này có mức độ ưu tiên thấp nhất và sẽ chỉ đi vào tuyến chính sau khi tất cả các phương tiện vận chuyển khác đi qua, chắc chắn kéo dài thời gian vận chuyển ngoài mong đợi.

Các đoàn tàu bao gồm các bộ toa xe khách hạng ba,[23] nhưng chủ yếu là xe chở hàng hoặc xe chở gia súc hoặc cả hai; cái sau chứa tới 150 người bị trục xuất, mặc dù 50 là con số theo quy định của SS. Không có thức ăn hoặc nước được cung cấp. Các boxcars Güterwagen chỉ được trang bị một nhà xí có xô dội nước. Một cửa sổ có rào chắn nhỏ cung cấp thông gió bất thường, đôi khi dẫn đến nhiều trường hợp tử vong do nghẹt thở hoặc tiếp xúc với các khí độc.[24]

Đôi khi, người Đức không có đủ toa xe sẵn sàng để bắt đầu một chuyến hàng lớn chở người Do Thái đến các trại, vì vậy các nạn nhân đã bị nhốt bên trong qua đêm tại các bãi trung gian. Các đoàn tàu Holocaust cũng chờ tàu quân sự đi qua.[24] Một lần vận chuyển trung bình mất khoảng bốn ngày. Lần vận chuyển dài nhất của cuộc chiến, từ Corfu, mất 18 ngày. Khi tàu đến trại và cửa toa được mở, tất cả mọi người đều đã chết.  

Người Do Thái từ Carpatho-Ruthenia được "chọn" trên Judenrampe, tháng 5 năm 1944. Được chọn sang bên phải có nghĩa là còn sống để lao động nô lệ; Bên trái, sẽ đi thẳng tới các buồng hơi ngạt.[25]

SS đã xây dựng ba trại hủy diệt ở Ba Lan bị chiếm đóng đặc biệt cho Chiến dịch Reinhard: Bełżec, Sobibór và Treblinka. Chúng được trang bị các thiết bị giết người hàng loạt giống hệt nhau được ngụy trang thành phòng tắm chung.[26] Ngoài ra, các buồng hơi ngạt được xây vào năm 1942 tại trại tập trung Majdanek, và tại Auschwitz II-Birkenau.[27] Tại Liên Xô do Đức chiếm đóng, tại trại hủy diệt Maly Trostinets, việc xả súng được sử dụng để giết nạn nhân trong rừng.[28] Tại Chelmno, các nạn nhân đã bị giết trong các xe hơi ngạt, có ống xả được chuyển hướng vào các khoang kín ở phía sau xe. Chúng cũng được sử dụng tại Trostinets.[29] Cả hai trại này đều có kết nối đường sắt quốc tế; do đó, các đoàn tàu dừng lại ở Łódź Ghetto và Minsk Ghetto gần đó. Từ đó, các tù nhân bị xe tải đưa đi.[30][31] Tại Treblinka, Belzec và Sobibor, cơ chế giết người bao gồm một động cơ đốt trong lớn cung cấp khói thải cho các buồng hơi ngạt thông qua các đường ống.[32] Tại Auschwitz và Majdanek, các buồng hơi ngạt dùng các viên hydro xyanua Zyklon B, đổ qua các lỗ thông hơi trên mái nhà từ các lon được gắn kín.[33]

Sau khi ra khỏi tàu vận tải, các tù nhân được phân chia theo thể loại. Người già, người trẻ, người bệnh và bệnh tật đôi khi được tách ra để giết chết ngay lập tức bằng cách dùng súng bắn, trong khi phần còn lại được chuẩn bị xếp hàng đi vào các buồng hơi ngạt. Trong một ngày làm việc 14 giờ, 12.000 đến 15.000 [34] người sẽ bị giết tại bất kỳ một trong những trại này.[32][35] Công suất của lò hỏa táng tại Birkenau là 20.000 xác mỗi ngày.[33][36]